O questionário da PNS é dividido em três partes: domiciliar, todos os moradores e morador selecionado, e é composto por módulos com temas relacionados à saúde. A distribuição dos temas nas duas pesquisas foi a seguinte:
- Módulo A – Informações do domicílio
- Módulo B – Visitas domiciliares de Equipe de Saúde da Família e Agentes de Endemias
- Módulo C – Características gerais dos moradores
- Módulo D – Características de educação das pessoas de 5 anos ou mais de idade
- Módulo E – Trabalho dos moradores do domicílio
- Módulo F – Rendimentos domiciliares
- Módulo G – Pessoas com deficiências
- Módulo I – Cobertura de plano de saúde
- Módulo J – Utilização de serviços de saúde
- Módulo K – Saúde dos indivíduos com 60 anos ou mais e cobertura de mamografia entre mulheres de 50 anos ou mais
- Módulo L – Crianças com menos de 2 anos
- Módulo M – Outras características do trabalho e apoio social
- Módulo N – Percepção do estado de saúde
- Módulo O – Acidentes e violências
- Módulo P – Estilos de vida
- Módulo Q – Doenças crônicas
- Módulo R – Saúde da mulher
- Módulo S – Atendimento pré-natal
- Módulo U – Saúde bucal
- Módulo X – Atendimento médico
- Módulo A – Informações do domicílio
- Módulo B – Visitas domiciliares de Equipe de Saúde da Família e Agentes de Endemias
- Módulo C – Características gerais dos moradores
- Módulo D – Características de educação das pessoas de 5 anos ou mais de idade
- Módulo E – Trabalho dos moradores do domicílio
- Módulo F – Rendimentos domiciliares
- Módulo G – Pessoas com deficiências
- Módulo I – Cobertura de plano de saúde
- Módulo J – Utilização de serviços de saúde
- Módulo K – Saúde dos indivíduos com 60 anos ou mais e cobertura de mamografia entre mulheres de 50 anos ou mais
- Módulo L – Crianças com menos de 2 anos
- Módulo M – Características do trabalho e apoio social
- Módulo N – Percepção do estado de saúde
- Módulo O – Acidentes
- Módulo P – Estilos de vida
- Módulo Q – Doenças crônicas
- Módulo R – Saúde da mulher
- Módulo S – Atendimento pré-natal
- Módulo U – Saúde bucal
- Módulo Z – Paternidade e pré-natal do parceiro
- Módulo V – Violência
- Módulo T – Doenças transmissíveis
- Módulo Y – Atividade sexual
- Módulo AA – Relações e condições de trabalho
- Módulo H – Atendimento médico
- Módulo W – Antropometria