Notebook para criação de tabela de indicadores da PNS - módulo J 2019 Utilização de Serviços de Saúde¶
Bibliotecas Utilizadas¶
In [ ]:
#Lendo pacotes necessários
library(survey)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(foreign)
library(forcats)
library(tidyverse)
Carregando microdados da PNS¶
In [ ]:
#Carregando banco de dados para R versão 3.5.0 ou superior
load("<coloque aqui o caminho para o arquivo dos microdados formato RDATA PNS 2019>")
#conferindo as dimensões (número de linhas e colunas)
dim("<Coloque aqui o nome do arquivo RDATA PNS 2019>")
Definição do peso e filtragem de respondentes do questionário¶
In [ ]:
#Selecionando registros válidos e calculando peso amostral
pns2019.1<- <Coloque aqui o nome do arquivo RDATA> %>% filter(V0015 == 1)
pns2019.1<-pns2019.1 %>% mutate(peso_moradores = ((V00281*279382/209589607)))
pns2019.1<-pns2019.1 %>% filter(!is.na(peso_moradores))
summary(pns2019.1$peso_moradores)
Criação de variáveis dos indicadores¶
In [ ]:
#Desfechos - Indicadores
#Consulta médica nos últimos 12 meses - J001P
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(J001P= if_else(J01101==1, 1,2,NA_real_))
pns2019.1$J001P<-factor(pns2019.1$J001P, levels=c(1,2), labels=c("Sim", "Não"))
#Consulta odontológica nos últimos 12 meses - J002P
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(J002P= if_else(J01301==1, 1,2,NA_real_))
pns2019.1$J002P<-factor(pns2019.1$J002P, levels=c(1,2), labels=c("Sim", "Não"))
summary(pns2019.1$J002P)
#Procura por atendimento de saúde nas últimas duas semanas - J003P
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(J003P= if_else(J014==1, 1,2,2))
pns2019.1$J003P<-factor(pns2019.1$J003P, levels=c(1,2), labels=c("Sim", "Não"))
summary(pns2019.1$J003P)
#Fonte usual de cuidados - J004P
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(J004P= ifelse(J009==1, 1,2))
pns2019.1$J004P<-factor(pns2019.1$J004P, levels=c(1,2), labels=c("Sim", "Não"))
summary(pns2019.1$J004P)
#Internação hospitalar por 24h ou mais nos últimos 12 meses - J005P
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(J005P= ifelse(J037==1, 1,2))
pns2019.1$J005P<-factor(pns2019.1$J005P, levels=c(1,2), labels=c("Sim", "Não"))
summary(pns2019.1$J005P)
# Utilização de alguma prática integrativa e complementar nos últimos 12 meses - J011P
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(J011P= ifelse(J05301==1, 1,2))
pns2019.1$J011P<-factor(pns2019.1$J011P, levels=c(1,2), labels=c("Sim", "Não"))
summary(pns2019.1$J011P)
Definições de abrangências¶
Situação urbana ou rural¶
In [ ]:
#Situação Urbano ou Rural
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% rename(Situação_Urbano_Rural=V0026)
pns2019.1$Situação_Urbano_Rural<-factor(pns2019.1$Situação_Urbano_Rural, levels=c(1,2), labels=c("Urbano", "Rural"))
summary(pns2019.1$Situação_Urbano_Rural)
Sexo¶
In [ ]:
#Sexo
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% rename(Sexo=C006)
pns2019.1$Sexo<-factor(pns2019.1$Sexo, levels=c(1,2), labels=c("Masculino", "Feminino"))
summary(pns2019.1$Sexo)
UF¶
In [ ]:
#Estados - UFs
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% rename(Unidades_da_Federação=V0001)
pns2019.1$Unidades_da_Federação<-factor(pns2019.1$Unidades_da_Federação, levels=c(11,12,13,14,15,16,17,21,22,23,24,25,26,27,28,29,31,32,33,35,41,42,43,50,51,52,53),
label=c("Rondônia","Acre","Amazonas","Roraima","Pará","Amapá","Tocantins","Maranhão","Piauí","Ceará",
"Rio Grande do Norte","Paraíba","Pernambuco","Alagoas","Sergipe","Bahia",
"Minas Gerais","Espírito Santo","Rio de Janeiro","São Paulo",
"Paraná","Santa Catarina","Rio Grande do Sul",
"Mato Grosso do Sul","Mato Grosso","Goiás","Distrito Federal"))
summary(pns2019.1$Unidades_da_Federação)
Grandes Regiões¶
In [ ]:
#Grandes Regiões
pns2019.1 <- pns2019.1 %>%
mutate(GrandesRegioes = fct_collapse(Unidades_da_Federação,
`Norte` = c("Rondônia","Acre","Amazonas","Roraima","Pará", "Amapá","Tocantins"),
`Nordeste` = c("Maranhão", "Piauí", "Ceará", "Rio Grande do Norte", "Paraíba","Pernambuco", "Alagoas","Sergipe","Bahia"),
`Sudeste` = c("Minas Gerais", "Espírito Santo","Rio de Janeiro", "São Paulo"),
`Sul` = c("Paraná", "Santa Catarina", "Rio Grande do Sul"),
`Centro-Oeste`= c("Mato Grosso do Sul","Mato Grosso", "Goiás", "Distrito Federal")))
summary(pns2019.1$GrandesRegioes)
Capital¶
In [ ]:
#Capital
pns2019.1<- pns2019.1 %>% mutate(Capital= fct_collapse(Unidades_da_Federação,
`Porto Velho`= "Rondônia",
`Boa Vista`= "Roraima",
`Rio Branco`= "Acre",
`Manaus` = "Amazonas",
`Belém` = "Pará" ,
`Macapá`= "Amapá",
`Palmas` = "Tocantins",
`São Luís` = "Maranhão",
`Teresina`= "Piauí" ,
`Fortaleza`= "Ceará",
`Natal`= "Rio Grande do Norte",
`João Pessoa`= "Paraíba",
`Recife`= "Pernambuco",
`Maceió`= "Alagoas",
`Aracaju`= "Sergipe",
`Salvador`= "Bahia",
`Belo Horizonte`= "Minas Gerais",
`Vitória`= "Espírito Santo",
`Rio de Janeiro`= "Rio de Janeiro",
`São Paulo`= "São Paulo",
`Curitiba`= "Paraná",
`Florianópolis`= "Santa Catarina",
`Porto Alegre`= "Rio Grande do Sul",
`Campo Grande`= "Mato Grosso do Sul",
`Cuiabá`= "Mato Grosso",
`Goiânia` = "Goiás",
`Brasília`= "Distrito Federal"))
summary(pns2019.1$Capital)
Faixa Etária¶
In [ ]:
#Faixas Etárias
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(faixa_idade=cut(C008,
breaks = c(-Inf,0.99, 4.99, 14.99, 24.99,34.99,44.99,59.99,Inf),
labels = c("Menor de 1 ano","1 a 4 anos","5 a 14 anos","15 a 24 anos","25 a 34 anos","35 a 44 anos","45 a 59 anos","60 anos ou mais"),
ordered_result = TRUE, right = TRUE))
summary(pns2019.1$faixa_idade)
Raça¶
In [ ]:
#Raça
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(Raca= ifelse(C009==1, 1,
ifelse(C009==2 , 2,
ifelse(C009==4, 3,
ifelse(C009==9, 9, 4)))))
pns2019.1$Raca<-factor(pns2019.1$Raca, levels=c(1,2,3),labels=c("Branca", "Preta", "Parda"))
summary(pns2019.1$Raca)
Renda per capita¶
In [ ]:
#Rendimento domiciliar per capita
pns2019.1 <- pns2019.1 %>% mutate(rend_per_capita = ifelse(VDF004 %in% 1:2, 1,
ifelse(VDF004%in% 3, 2,
ifelse(VDF004%in% 4, 3,
ifelse(VDF004%in% 5, 4,5)))))
pns2019.1$rend_per_capita<-factor(pns2019.1$rend_per_capita, levels=c(1,2,3,4,5), labels=c("Até 1/2 SM","1/2 até 1 SM","1 até 2 SM",
"2 até 3 SM","Mais de 3 SM"))
summary(pns2019.1$rend_per_capita)
Criando indicadores¶
Filtrando base de indicadores¶
In [ ]:
#Selecionando variáveis para cálculo de indicadores no survey
pns2019survey<- pns2019.1 %>% select("V0024","UPA_PNS","peso_moradores", "J001P","J002P","J003P", "J004P","J005P","J011P","V0031","C008",
"Situação_Urbano_Rural","Sexo","Unidades_da_Federação", "GrandesRegioes",
"Capital","faixa_idade", "Raca","rend_per_capita")
summary(pns2019survey)
Exporta tabela filtrada com os dados específicos - Módulo J 2019¶
In [ ]:
#Salvando csv para cálculo de indicadores no survey
diretorio_saida <- "<coloque aqui o diretório>"
write.csv(pns2019survey, file.path(diretorio_saida, "pns2019Jsurvey.csv"))
Cria plano amostral complexo¶
In [ ]:
#survey design
desPNS=svydesign(id=~UPA_PNS, strat=~V0024, weight=~peso_moradores,nest=TRUE, data=pns2019survey)
desPNSJ18 = desPNS
desPNSJC = subset(desPNS, V0031==1)
desPNSJR = subset(desPNS, !is.na(Raca))
Criação da tabela de indicadores¶
Essa tabela é responsável por unir os indicadores no formato do painel de indicadores
In [ ]:
matrizIndicadores = data.frame()
Definição de variáveis para iteração dos indicadores¶
In [ ]:
ListaIndicadores = c(~J001P,~J002P,~J003P,~J004P,~J005P,~J011P)
ListaIndicadoresTexto = c("J001P","J002P","J003P","J004P","J005P","J011P")
ListaDominios = c(~Sexo,~Raca,~rend_per_capita,~faixa_idade,~Situação_Urbano_Rural,~Unidades_da_Federação,~GrandesRegioes,~Capital)
ListaDominiosTexto = c("Sexo","raça","rend_per_capita","fx_idade","urb_rur","uf","região","capital")
ListaTotais = c('Brasil','Capital')
Ano <- "2019"
Preenchendo a tabela de indicadores¶
Essas iterações rodam por indicador, abrangência e por design
In [ ]:
#Cálculo dos indicadores usando o pacote survey
i <- 0
for( indicador in ListaIndicadores){
i <- i + 1
j <- 1
for (dominio in ListaDominios){
if (ListaDominiosTexto[j]=="capital"){
dataframe_indicador<-svyby( indicador , dominio , desPNSJC , svymean,vartype= c("ci","cv"))
} else if (ListaDominiosTexto[j]=="raça"){
dataframe_indicador<-svyby( indicador , dominio , desPNSJR , svymean,vartype= c("ci","cv"))
} else {
dataframe_indicador<-svyby( indicador , dominio , desPNSJ18 , svymean,vartype= c("ci","cv"))
}
dataframe_indicador<-data.frame(dataframe_indicador)
colnames(dataframe_indicador) <- c("abr_nome","Sim","Nao","LowerS","LowerN","UpperS","UpperN","cvS","cvN")
dataframe_indicador$Indicador <- ListaIndicadoresTexto[i]
dataframe_indicador$abr_tipo <- ListaDominiosTexto[j]
dataframe_indicador$Ano <- Ano
dataframe_indicador <- dataframe_indicador %>% select("abr_tipo","abr_nome","Ano","Indicador","Sim","LowerS","UpperS","cvS")
matrizIndicadores <-rbind(matrizIndicadores,dataframe_indicador)
j <- j + 1
}
}
Criando a tabela pela abrangência total¶
In [ ]:
matriz_totais <- data.frame()
Preenchendo a tabela com as abrangencia Brasil e total das capitais¶
In [ ]:
i=0
for(indicador in ListaIndicadores){
i <- i+1
for(total in ListaTotais){
dataframe_indicador <- data.frame()
dataframe_indicador_S <- data.frame()
if(total == 'Capital'){
dataframe_indicador <- svymean(indicador,desPNSJC)
}else{
dataframe_indicador <- svymean(indicador,desPNSJ18)
}
intervalo_confianca <- confint(dataframe_indicador)
coeficiente_variacao <- cv(dataframe_indicador)
dataframe_indicador <- cbind(data.frame(dataframe_indicador),data.frame(intervalo_confianca))
dataframe_indicador <- cbind(data.frame(dataframe_indicador),data.frame(coeficiente_variacao))
dataframe_indicador <- dataframe_indicador %>%
select('mean','X2.5..','X97.5..',coeficiente_variacao)
dataframe_indicador_S <- dataframe_indicador %>%
slice(1)
colnames(dataframe_indicador_S) <- c('Sim','LowerS','UpperS', 'cvS')
dataframe_indicador_S <- dataframe_indicador_S %>%
select('Sim','LowerS','UpperS','cvS')
dataframe_indicador_S$Indicador <- ListaIndicadoresTexto[i]
dataframe_indicador_S$abr_tipo <- "total"
dataframe_indicador_S$abr_nome <- total
dataframe_indicador_S$Ano <- "2019"
dataframe_indicador_S <- dataframe_indicador_S %>%
select("abr_tipo","abr_nome","Ano","Indicador","Sim","LowerS","UpperS",'cvS')
matriz_totais <-rbind(matriz_totais,dataframe_indicador_S)
}
}
Unindo tabela de indicadores e de totais¶
In [ ]:
matrizIndicadores<-rbind(matrizIndicadores,matriz_totais)
Visualizando tabela de indicadores¶
In [ ]:
matrizIndicadores
Exportando tabela de indicadores calculados - Módulo J 2019¶
In [ ]:
diretorio_saida <- "<coloque aqui o diretório>"
write.table(matrizIndicadores,file=paste0(diretorio_saida,"Indicadores_2019J_R.csv"),sep = ";",dec = ",",row.names = FALSE)
In [ ]: